不銹鋼發酵罐可配置不同性能的控制器。控制器能完成最基本的功能，參數輸入及顯示裝置，用以輸入控制發酵條件的各種參數及顯示發酵過程中罐內培養液的溫度，溶氧的測定數值。
不銹鋼發酵罐電極校正裝置用以校正pH電極和DO電極等，酸、堿泵用以向發酵罐加入酸液或堿液以調節培養液中的pH，消泡劑加入泵用以向發酵罐加入消泡劑，以消除發酵過程中產生過多的泡沫。不銹鋼發酵罐報警燈及蜂音器按鈕，當發酵過程中，電路上發生故障，如顯示屏上顯示溫度或DO為閃動，即超出本機的測定值，則報警紅燈亮并發出“嘀、嘀……”聲。
清洗不銹鋼發酵罐時，請用軟毛刷進行刷洗，不要用硬器刮擦，以免損傷發酵罐表面配套儀表應每年校驗一次，以確保正常使用，電器、儀表、傳感器等電氣設備嚴禁直接與水、汽接觸，防止受潮。不銹鋼發酵罐停止使用時，應及時清洗干凈，排盡發酵罐及各管道中的余水；松開發酵罐罐蓋及手孔螺絲，防止密封圈產生永久變形，操作平臺、恒溫水箱等碳鋼設備應定期(一年一次)刷油漆，防止銹蝕。
如果不銹鋼發酵罐暫時不用，則需對發酵罐進行空消，并排盡罐內及各管道內的余水，在空消及實消時，一定要排盡發酵罐夾套內的余水，否則可能會導致不銹鋼發酵罐內筒體壓扁，造成設備損壞；在實消時，還會造成冷凝水過多導致培養液被稀釋，從而無法達到工藝要求。不銹鋼發酵罐在空消、實消結束后冷卻過程中，嚴禁發酵罐內產生負壓，以免造成污染，甚至損壞設備，在各操作過程中，必須保持空氣管道中的壓力大于發酵罐的罐壓，否則會引起發酵罐中的液體倒流進入過濾器中，堵塞過濾器濾芯或使過濾器失效。
不銹鋼發酵罐自動或人工控制按鈕用以決定本控制器是處在自動控制或人工控制狀態，電極連接導線：連接導線，分別與pH、和溫度電極連接安裝好電極，滅菌前檢查各接口，各管線外觀是否正常，出蒸汽管是否牢固。各閥門應由兩人檢查是否處于完全關閉狀態。不銹鋼發酵罐滅菌時至少要求兩人在場，一人負責操作各種閥門，另一人負責觀察報告各項參數，確認各閥門處于關閉狀態后，打開蒸汽發生器進水閥，啟動蒸氣發生器，蒸氣發生器開始自動進水，此時應打開蒸氣發生器下部的排水閥，盡量放去水銹后關閉排水閥。
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