發酵罐安裝好電極，滅菌前檢查各接口，各管線外觀是否正常，出蒸汽管是否牢固。各閥門應由兩人檢查是否處于完全關閉狀態，滅菌時至少要求兩人在場，一人負責操作各種閥門，另一人負責觀察報告各項參數。
確認發酵罐各閥門處于關閉狀態后，打開蒸汽發生器進水閥，啟動蒸氣發生器，蒸氣發生器開始自動進水，此時應打開蒸氣發生器下部的排水閥，盡量放去水銹后關閉排水閥。注意觀察蒸汽發生器內水量液位，防止事故。此時完全打開發酵罐夾套出氣閥閥門，緩慢打開蒸汽發生器總閥門，緩慢部分打開夾套進氣閥，開始對夾套通入水蒸氣。
發酵罐開始時可能蒸汽壓力不穩，壓力表指針劇烈擺動，可以適當關小夾套進氣閥，然后依次打開取樣閥出蒸汽閥，取樣閥進蒸汽閥，底閥出蒸汽閥，底閥進蒸汽閥，對取樣閥和底閥滅菌，同時排盡壓力不穩的水蒸氣。水蒸氣壓力不劇烈變化時再依次關閉、底閥出氣閥，發酵罐罐內溫度逐漸上升，至所設置90°溫度時，攪拌電機停止轉動，此時打開罐體總進氣閥，打開罐體出氣管閥。
依次打開以下發酵罐閥門：打開出氣調節閥，緩慢打開罐體進蒸汽閥對罐內通入蒸汽，空氣濾器表壓開始上升，超過0.1MP時打開冷凝水閥門疏水，繼續開大罐體進蒸汽閥，除盡發酵罐罐內空氣后，罐內壓緩慢上升，調整出氣調節閥，使之達到滅菌所要求溫度壓力，達到滅菌溫度時計時開始。調整夾套進氣閥、罐體進蒸汽閥和出氣調節閥，使溫度、罐壓保持所設溫度。
發酵罐滅菌時間到后，依次關閉已開的各進汽閥門，關閉蒸汽總閥門，完全放開罐內尾氣排氣閥放掉罐內壓力，關閉蒸汽發生器電源。打開空氣壓縮機，等罐壓降至0.05MP時，緩慢打開進氣調節閥，維持罐內正壓。發酵罐滅菌過程中，操作員應穿長衣長褲，帶防護手套，防止燙傷。滅菌過程中如果蒸汽發生器自動進水，蒸汽總壓將迅速下降，必要時可以適當開大蒸汽總閥門，保持壓力，但要小心觀察壓力變化。
發酵罐對罐內通蒸汽時，滅菌后罐壓下降較快，注意通無菌空氣時機。盡量不要使空氣壓縮機和蒸汽發生器同時工作。滅菌過程中空氣濾器壓力不應超過0.2MP。冷凝水的大小將影響罐內液體滅菌后濃度，要考慮蒸汽冷凝水增加量。發酵罐排氣閥的大小可以調整通氣量和罐壓，控制攪拌轉數使發酵溶氧滿足工藝要求。發酵時打開罐體進水總閥，打開夾套出水閥和夾套進水閥，此時系統自動通過控制夾套水溫控制發酵溫度。
由于發酵罐罐內正壓，接菌時關小進氣閥，適當降低罐壓至0.01—0.02MP，用火焰圈保護將接種口快速打開（防止氣流將火焰熄滅），接種后快速關閉接種口。將補料系統的各個瓶及附屬膠管滅菌后聯入主機，在火焰圈保護下刺破硅膠墊，安裝好補料系統，此時工作站上應顯示有系統的各個參數實時監控，注意做好參數記錄工作。發酵罐發酵進行到后期時，可能會有菌體堵塞出氣管，現象為通氣量下降，罐壓略有增高。此時人為左右旋轉出氣閥，可以使堵塞緩解。
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